El bando alzado saqueó Badajoz y fusiló a varios miles de prisioneros y civiles, culminando en una vergonzosa serie de ejecuciones en la plaza de toros. Asesinatos y violaciones se desarrollaron en los siguientes días, y la falta de Yagüe para poner fin a las ejecuciones le valieron el sobrenombre de "El carnicero de Badajoz". Sin embargo, debería ser tenida en cuenta que en las guerras coloniales llevadas a cabo en Marruecos, la brutalidad sistemática y las represalias contra civiles habían sido la norma. Curiosamente, Franco intervino para poner fin a la práctica marroquí de castrar los cuerpos de sus enemigos muertos.

Corresponsales extranjeros, dependiendo de sus simpatías políticas, informaron de entre 1800 y 4000 civiles muertos. Historiadores del bando nacional negaron la masacre en la posguerra, y la presentaron como una invención completa, mientras, la ciudad quedó completamente destruída.